木氏世袭土官知府的统治势力一直伴随着明王朝，直到清王朝雍正元年改土归流为止，共传了18代。如果加上元朝四代，共22代。从明洪武十五年，公元1382年至雍正元年，即公元1723年，木氏担任丽江知府341年，若从公元1253年木氏先祖麦良降元时算起，至改土归流，其家族统治丽江地区共470年。

“传世最远”，木氏土司实行长子继承制，中间虽有波折，如木泰七弟木吉“以庶谋嫡，问以极刑”（《木氏世系表》），仍按秩序承袭。木氏谨慎为官，虽有越郡买地等小疵被人参奏，中央王朝有关部门仍予保护。

明代丽江木氏土司中，任职最长的是木嵚（43年）、任职较长的是木初（28年）、木公（28年）、木增（26年）、木懿（25年），任职最短的是木青（2年）。受封荣衔最高的是木增（左、右布政使司布政使，从二品）。其次是木嵚（太中大夫、资源治少尹，三品）。其余木公等（知府、中宪大夫，正四品）。云南大学教授木霁弘认为，木氏土司“以夷制夷”的管理方式成效十分显著。实际证明，此项政策的实施对顺应历史发展，兼顾少数民族的实际利益，巩固中央王朝在边疆的统治地位，对当地各方面发展和保持该地区的稳定都起到了重大作用。

明初以至明中叶，木氏领主号令一方，夜郎自大。对封建朝廷只承担着差发、纳贡和应征调三项义务，数目不大，孔兴询《创建丽江文庙碑记》说“其分府而来者，无户口刑名钱粮之责，日用且仰给于世府。”到了明末清初，情况大不同了。一方面封建朝廷的势力步步深入，对丽江的控制越来越加强。首先，封建中央逐步掌握丽江的田地户口数，如正德和万历年间，朝廷根据三百一十八顷的田地数，以及二千三百余户、五万七千余口的户口数，征收夏税麦秋粮米麦共二千四百多石。万历时，还增收差发米一百六十余石，以及花班竹银一百两。到清朝雍正年间，朝廷已掌握全部丽江田地户口数，直接征收田赋税课，原先为木氏领主独占的矿场盐井也全由朝廷专营。其次，从明嘉靖朝开始增加了贡纳白银一项。从嘉靖三十九年到天启五年共六十六年中，贡银达五万五千余两，每年平均八百五十两左右。再次，朝廷任命的流官通判的实权逐渐增大，明初就设有流官通判，但只有虚名，根本不能到任，最多到省而已。至明末清初，流官通判不但已经到丽江任事，而且有了一些活动。如康熙三十九年，流官通判就曾建立学宫，四十五年，建立玉河书院，等等。木氏领主对封建朝廷已经是有求必应了。这和过去大不相同。如木增在万历三十八年，助饷银二万余两，四十八年，“辽阳大惊，饷银一万解京”，又“助银一千二百两”，天启二年，“四川奢酋作叛，解饷”，并“差人赴阙，陈言十事，捐银一千助国，颁赏阵亡忠孝。五年，助银一千解司”，崇祯三年，“助京及黔饷并解部”，十年，“助陵工及捐银五百解京”，可见当时木氏领主对中央王朝是非常“忠心”的。

清初，木氏的政治统治名存实亡。清顺治十七年（公元一六六0年），木懿袭土知府职，事实上虚有其名。康熙年间，蒙番占据中甸等处，吴三桂以通番之罪，把木懿押解省城，并令其赔纳中甸等处的米麦征额，旋后吴三桂又以割江内剌普其宗等地求教于蒙番，再逼令土府认纳这些地方的秋粮夏税。木氏领主不但不能保有原属区域加以统治，而且被吴三桂任意宰割和左右了。

雍正年间，清王朝利用纳西族内部新兴的地主势力，把领主政治统治推开，取而代之。还在雍正元年，纳西族地主阿知立、阿仲苴、和日嘉与阿宝等，赴省申诉，请求改土设流。总督高其倬、巡抚杨名时题请改设流官知府，降土知府为土通判。这时朝廷是求之不得的事，故马上下令改土归流了。这种兵不血刃的改土归流实是一件非常不易的事。改土归流的实现，标志着领主政治统治的垮台，也标明了从领主制到地主制转化过程的最后终结。这是因为改土归流的结果，废除了封建领主大土地所有制，确立了封建地主土地所有制；改组了行政机构，委派流官到地方主政，并设置府、厅、州、县，将原有的“自治”体制，从根本上给以变革，将政权模式与内地划一。木氏土司从此降为通判，权力和影响都被削弱了。把土府旧人员“或围为六房，或用为乡约”，原十二里改为“里社保约”；流官掌印，钱粮税课全归流官控制；流官控制地方武装，解除了土官兵权；剥夺了领主对矿场、盐井和茶叶的独占权，由朝廷专营；创立书院，令学子学习礼乐，开科取士，控制文化。之后儒家汉文化，从木氏家族的专有垄断中解脱了出来，开始进入寻常百姓家。 经历了清朝的改土归流后，木氏政权土崩瓦解，这不仅仅是土司制度的一次革命，对木氏和丽江而言，它对整个丽江的政治、经济、文化的发展产生了深远的影响。政治上废除了古老的土司制度，结束了木氏称雄一方的局面，外界和丽江的沟通开始变得畅通，有利于边疆各民族地区的经济文化发展和交流。外地派来的流官迅速开展兴修水利、办学、组织商会等工作，给丽江的发展注入了新的内容。而在经济上，政治“高墙”被推翻后，进入丽江的人群增加了，促进了当地耕作技术的提高，还促进了当地与外界物资交流，使当地的农业、手工业、商业得到了长足发展。在文化方面，从《丽江府志稿》可见一斑，其曰“各乡村创立义学，广育人才，一时学校如林而家弦户诵”。流官们热衷办学其成效是十分显著的，从乾隆元年到清朝末年间，丽江就产生过60多名举人，其中大部分留下了诗文集，如今已经成为丽江一笔宝贵的文化财富。但改土归流也带来一些负面影响，一方面是民族领袖后继乏人，另一方面是土官成为傀儡后，一味地推行汉文化，使当地一些古老的民俗没能得到很好的传承。