石柱土司马氏，据其家谱记载，祖籍是陕西扶风，系汉伏波将军马援第三十九代孙马定虎的后裔。马定虎在南宋时因平五溪蛮入境，因功授以石柱安抚使，官职世代沿袭，得以世守石柱。《马氏族谱》、《马氏家谱渊源》、《石柱厅志》、《石柱乡土志》或《马氏家谱》均载：马定虎为“迁石柱始祖”，“建业于水车坝”。“其袭爵历元及明无替”。明季朱容潘攻入石柱，石柱马氏官谱被焚烧，“定虎公以后，克用公之前，马氏中衰，当宋之鼎革之际，功名未登天府，史鉴不传”。据《渝州志》云：“宋景定中，蛮酋大虫马什用同向士壁率师大败元兵，继平九溪洞夷，授镇国大将军，领铜牌印、石柱安抚司大使，世守其土。
渊 源
据重庆市石柱县马氏保存的《马氏家乘》记载：“公（马定虎）陕西扶风茂陵庄人，汉伏波将军三十九代孙也。英敏磊落，勇力过人，事宋为骁骑队长，属吴繗军。靖康之乱入京师勤王，……高宗南渡，扈跸有功，军中皆称将门之后。时五溪蛮因朝廷多故，连结土司秦勾等陷施州大田所、南宾诸郡，扰及大江之南，官兵屡征不克。大臣范宗伊奏曰：五溪蛮敬畏伏波将军如神，倘得其裔往征，必克。高宗允其奏，因诏定虎公领兵由建始入川，驻兵于南宾县之水车坝，传檄南路土司七覃八田，宣扬威德，克期会兵施州。溪蛮闻定虎公为伏波之后，已自摄服欲降，独贼首覃勾拒施州欲战。我公合诸土司兵攻破施州，贼走屯七岳山。公围之，遣轻骑五百人间道由龙嘴河、都会坝绝其归路，贼粮道不通，遂成擒。捷闻，并图其山川形势以献，中有石峰高耸插空之语，因封公为石柱安抚司，世袭节制九溪十八洞“。清乾隆年间修《石柱厅志》记载，扶风人马定虎，（马）援三十九代孙也，知兵饶胆略，朝命领兵进剿。定虎入川驻水车坝，击之，苗果震慑，溃败。捷闻，即以南宾县地官之。县东南六十里，有高峰直上，状类柱，乃置石柱安抚司，敕马氏世袭，节制九溪十八洞，为镇服苗蛮之计。据《明史》中记载：“明洪武七年（1374）石柱安抚使马克用遣子付德与同知陈世显入朝贡方物；洪武八年（1375）改石柱安抚司为宣抚司，隶重庆府”。马克用封石柱宣抚使，建署水车坝（今悦来乡古城坝），其食邑，仅今悦来乡附近就有牛项溪、尖山子、螺丝塘、白果园、水田坝、五龙溪、板獠漕等处。
业 绩
石柱马定虎这一支马氏在历史上对稳定少数民族地区社会安定，维护国家统治，发展社会生产均做出了很大贡献。据《马氏家乘》记载，元未九溪十八硐诸土司不靖，明洪武初，马定虎的十五代孙马克用征服了九溪十八硐，被朝廷加封为宣抚使。据《蜀人物志》记载，马克用“生元末，袭石柱安抚司，仁而有勇，与士卒同甘苦，上下一心。全境内户口为十三族，大山外有陈、伍、高、崖、罗、向六族，山以内有谭、刘、奉、何、冉、江、白为七族。土司无城郭而有峒寨，令十三族皆得立寨栅，具徒卒，无事尽力农亩，有警则各寨并起，以听指挥。凡境内高峰绝岭，星罗棋布，皆各族屯兵边所。……不数年，庶富为川东冠。忠路、酉阳、唐岩、沙溪等司，皆推石柱为司长，音问不绝。”马克用在洪武中善抚夷落人心归附，子孙世袭。表明元末石柱土司的势力得到急剧增长，已成为元末明初时期诸土司中举足轻重的大土司之一。
石柱土司正式建立后，由马氏承袭达26代，计569年。其沿袭情况，据《石柱厅志》等资料记载，自明洪武初马克用由安抚使擢升宣抚使以来，在洪武七年（1374），马克用遣子付德与同知陈世显入朝，明改安抚司为宣抚司。马克用于明洪武八年将其司治迁至南宾县城。马克用传子马良，马良传子应仁。宣德五年（1430），马应仁犯法，罪应死，但朝廷给他个谪戍边，戴罪立功的处分，因为“帝念其祖克用尝效力先朝”，而仍命马应仁子马镇袭石柱宣抚使职。马镇传马黼，马黼传马澄。明成化十八年（1482年）三月，内盗300余，侵犯石柱，杀死马澄及隶卒20余人焚掠而去。是年，其子马徵袭宣抚职。马徵传马龙，马龙传马素，马素在万历二十年（1592）传马斗斛。
夺位事件
明万历年间，龙阳洞土司谭彦相等欲脱离石柱土司统治，编籍入万县之时，石柱土司马斗斛为维系“土不出境”的祖训，遣子马千乘率兵围攻龙阳洞，烧杀几尽。直到清顺治十六年（1659）石柱土司归附清朝，石柱乃辖东至湖北利川，南接黔江，西界丰都，北邻忠州。广230里，袤240里之广阔地域。
在秦良玉代理土司之前，其马氏内部发生一件争权夺位，引发仇杀之事。据《明史·四川土司传》记载，万历二十二年（1594），石柱土司妻子代幼子行宣抚事，时“土吏马邦聘谋夺其印，与其党马斗斛、斗霖等，集众数千，围覃氏，纵火焚公私庐舍八十余所，杀掠一空。”结果，还是马斗斛得了便宜，署理司职，但终究是名不正，言不顺，好景不长，最终下了台。
石柱土司是土家族六大宣慰司中，改土归流最晚的一个。马祥麟子马万年于清顺治十六年（1659），归附清朝，仍授宣慰使。据《清史稿·四川土司传），乾隆二十一年（1756），以夔州府分驻云安厂同知移驻石柱。二十五年（1760），设石柱直隶厅，改土宣慰使为土通判世职，不理民事。道光《补辑石柱厅志·土司志》记载：清康熙十九年（1680年）马万年传子马洪裔，雍正年间马洪裔传子马宗大，“宗大传光裕，光裕传孔昭，孔昭于乾隆十九年（1754）缘事革职，以光裕弟光仁护土司事，俟孔昭生子承袭。至二十一年，孔昭生子俊明，报部。光仁复缘事斥革。部议夔府分驻云安厂同知移驻石柱，代理土司事，俟俊明成立交卸。二十五年，俊明殇，承袭无期。部议改设直隶厅同知，其土宣慰司改为士通判，不预民事，俟孔昭生子。题请奉旨如议。孔昭卒，无子，以光仁子图昭袭土通判职。”
马孔昭与马光仁两任土司均“缘事革职”，其所缘何事，据石柱《马氏家乘》记载，“乾隆十九年，孔昭以逆匪陈昆案内失察，部议革职。”是说马孔昭的革职是因为镇压当地陈昆起义不力所致。而马光仁革职的原因却与他同马孔昭之间的矛盾有关，谱云：“乾隆二十一年（1756），孔昭生子俊明，业已报部。因光仁任事，时值大旱，民间禾价腾贵，光仁禁贩禾出境，有贩者皆称孔昭之禾，仁因封孔昭庄仓。昭怒，以封仓绝食、更藉护夺袭等情上控”。马孔昭所以将其叔父马光仁告到夔州府，是因为贩禾封仓之事，但真实的原因是“藉护夺袭”之情，即马孔昭子马俊明业已报部，而马光仁并不愿意从“护土司事”的位置上退下，让马俊明承袭，而引起马孔昭的不满。到乾隆二十二年（1757年）改土归流、改设直隶厅、隶川东道，宣慰使改为土通判，不预民事，仍世袭。《石柱直隶厅志》有云：“国家声教远讫，先后皆改土归流，石柱土官马氏历世忠顺，明季女土官秦良玉忠勇著天下，载明史，故地虽改设直隶厅，后裔犹世袭通判职，比其他土司加厚焉”。乾隆二十五年，朝廷因马俊明死，马孔昭无子承袭，而顺势把石柱改土归流。同知贾天禄奏请乃以马光仁的长子马图昭袭，自此，土通判一职，马氏世代相传，马图昭于乾隆二十七年（1762）缘事革职。次年，同知王萦绪上奏朝廷，要求任命由马宗大之弟马宗夫之孙马佑昭承袭土通判，获准。咸丰年间传至马驾，马驾传马保诚、马保诚传杨舜贞，杨舜贞传马正倓，至民国三十八年（1949年）十一月石柱解放为止。
世袭表
马氏土司世系自马克用起为：
马克用（元末袭）-→马良-→马应仁-→马镇-→马黼-→马澄-→马徵-→马龙-→马素-→马斗斛-→覃氏-→马千乘-→秦良玉（马千乘妻，因夫亡，子幼而代理）-→马祥麟-→马万年-→马洪裔-→马宗大-→马光裕-→马孔昭-→马光仁（马裕弟，因兄革职，子未出而执司事）-→马图昭-→马佑昭-→马驾-→马保诚-→杨舜贞-→马正倓。