确立统治与形成秩序：清顺治康熙时期对南方土司的处置
常建华
摘 要：清朝对于土司的处置，是其确立全国统治的一部分，顺治康熙时期土司问题与清朝统一全国稳定社会秩序联系在一起。清朝正式招抚土司的政策，体现在顺治五年的诏书，表达出秉承天命统一中国的政治合法性。顺治时期制订了土司承袭的基本制度，康熙初年继续奉行，平定三藩之乱收复西南地区后，清朝才真正面临土司的管理问题。顺治康熙时期，已经有部分地区土司进行了改土归流，将土司的土地人民纳入清朝的“版图”。康熙朝对土司的处置基本上是宽容的。
关键词：顺治；康熙；土司；统治；秩序
清朝确立统治的过程，同时也是建立稳定社会秩序的过程。在这一过程中，清廷十分注意对于土司的处置。中国南方特别是西南地区为少数民族聚集区，元明时期采取土司制度进行管辖。清顺治康熙时期统一南方地区将土司纳入新朝的统治体系内，以往对清前期西南土司的研究，集中在雍正以后的改土归流问题，事实上要准确把握清朝的土司政策，还需要了解顺治康熙时期的土司的处置，包括清朝的土司政策与治理土司的活动[ 关于这一时期清朝的土司政策尚未发现专门的研究，李世愉《清代土司制度考》第一章《雍正改流前的土司制度》六《明及清初对土司的控制》有所论述，中国社会科学出版社1998年版第37-40页。]。作者试图就顺康时期对南方土司的处置加以探讨，了解清朝中央政府与西南地方的关系，从而把握清朝是如何确立统治与形成秩序的。
一、清初统一战争时期对土司的处置
清兵入关，随即展开统一中国的战争。顺治二年（1645年）清军统一长江以北后，接着挥师南下，试图统一南中国。对于中国南方地区少数民族聚集区的土司，清廷主要采取招抚政策。顺治二年招抚云贵右侍郎丁之龙条陈滇黔事宜，建议：“一、酌用督抚监司，一给土司敕印，一、沐国公宜封王爵，一、豁免增添钱粮，一、仍留旧设兵马，一、宽宥罪犯，一、速设驿站，一、暂免薙头，一、开科取士，一、酌用投闲官员，一、换给印信，一、请设满洲官，一、自请加衔，一、请给家口养赡。”[《清世祖实录》卷18，顺治二年闰六月己酉。]清廷将此建议转发有关部门。丁之龙的条陈，反映了清朝招抚云贵的动向。
清朝正式招抚土司的政策，体现在顺治五年（1648年）的诏书[ 王纲也有类似的看法。见王纲《清代四川史》第十二章《清代四川的土司与改土归流》第一节《清代四川的土司政策》，成都科技大学出版社1991年版第405页。]。该年十一月冬至南郊祀天，以奉太祖武皇帝配天及追尊四祖考妣帝后尊号礼成，叔父摄政王多尔衮以顺治皇帝名义颁布大赦天下诏书，诏书开宗明义，说：“大一统之业，礼莫重于配天；通孝思之诚情，莫切于尊祖。[《清世祖实录》卷41，顺治五年十一月辛未。]”表达出秉承天命统一中国的政治合法性。诏书大赦条目中涉及土司政策的有两条：
一、各处土司，原应世守地方，不得轻听叛逆招诱，自外王化。凡未经归顺今来投诚者，开具原管地方部落，准与照旧袭封。有擒执叛逆来献者，仍厚加升赏。
一、已归顺土司官，曾立功绩及未经受职者，该督抚按官通察具奏，论功升授[《清世祖实录》卷41，顺治五年十一月辛未。]。
前一条主旨是与反清势力即所谓“叛逆”争夺土司，说未归顺的土司只要认同清朝统治即服从“王化”，可以继续世袭土司，延续明朝对地方的统治，并奖励“擒执叛逆来献者”。后一条是奖励已归顺的土司。
清朝的招抚政策起到了一定的作用。如顺治八年（1651年）三月“偏沅巡抚金廷献奏报：湖南保靖、永顺、桑植、茅冈、大旺、喇惹等土司，各献舆图版册及元明两朝印式来归，乞授以原官颁发新印。下所司察议。”[《清世祖实录》卷55，顺治八年三月乙酉。另据《清世祖实录》卷35，顺治四年十二月丙戌记载：当时湖南“苗夷大半俱降，其未顺者已遣人招抚。”卷36，顺治五年正月丙午记载：“湖南六府底定，苗民就抚”。可见顺治时期清朝招抚湖南苗民有一个过程。]顺治九年七月“天全六番、乌思藏、董卜、黎州、长河西、鱼通、宁远、泥溪、蛮彝、沈村、宁戎等土司，各缴前朝敕印以降。”[《清世祖实录》卷66，顺治九年七月辛卯。]元明土司表示归顺清朝的标志就是交出前朝的敕书印信以及舆图版册，同时向清朝申请新印。不过从这两则资料未提到是否颁给新印来看，当时正值戎马倥偬，清朝未必就已经准备好了授给土司的官印，可能只是承认归顺土司在当地的统治权力而已。《清世祖实录·修纂凡例》规定：“满汉文武官制、衙门及土官设立更改者书”，“凡铸给印记皆书”。上述记载只书土官归顺而未书铸给印记，可能没有颁给印记。
在湖南两广地区基本平定云贵地区尚未归附的情况下，清朝采取继续招抚土司的政策。顺治十年（1653年）五月，清廷任命洪承畴总理西南事务。《清世祖实录》记载：
庚寅。谕内三院：湖南两广地方虽渐底定，滇黔阻远，尚未归诚。朕将以文德绥怀，不欲勤兵赎武。而远人未喻朕心，时复蠢动，若全恃兵威，恐玉石俱焚，非朕承天爱民本念，必得夙望重臣晓畅民情练达治理者，假以便宜，相机抚剿，方可敉宁。朕遍察廷臣无如大学士洪承畴，着特升太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方，总督军务，兼理粮饷，听择扼要处所驻札。应巡历者随便巡历，抚镇以下听其节制，兵马粮饷听其调发，一应抚剿事宜不从中制，事后报闻。满兵或留或撤，酌妥即行具奏。文武各官在京在外应取用者，择取任用升转；补调随宜奏请，吏兵二部不得掣肘；应用钱粮即与解给，户部不得稽迟；归顺官员酌量收录，投降兵民随宜安插。事会可乘，即督兵进取；时当防守，则慎固封疆。各处土司，已顺者加意绥辑；未附者布信招怀，务使近悦远来，称朕诞敷文德至意。功成之日优加爵赏，俟地方既定，善后有人，即命还朝，慰朕眷怀，应给敕谕印信，作速撰铸给与，即传谕该部遵行。[《清世祖实录》卷76，顺治十年五月庚寅。]
清廷委以洪承畴平定西南重任，其中重要的事务是招抚土司，其主旨与前述顺治五年诏令一致。其中谈到“应给敕谕印信，作速撰铸给与”，说明很可能此前零星来归的土司未能及时给与敕印，因现在要大规模招抚西南土司，所以要求及时铸印颁给。当时云南属于孙可望控制之下，原籍云南永昌府的户部右侍郎王弘祚，鉴于云贵地区特简辅臣洪承畴相机剿抚“从此立见廓清”的情形，向清廷提出若干建议，涉及土司问题的有以下内容：土司黑苗宜抚谕，旧黔国公沐天波宜密通，滇黔土司宜暂从其俗，俟平定后绳以新制[《清世祖实录》卷76，顺治十年六月乙卯。]。值得注意的是王弘祚提出滇黔土司俟平定后绳以新制的主张，所谓新制，有可能是指改土归流。顺治十一年《清世祖实录》出现了换给土司印信的记载：“换给湖广水浕司土官唐镇邦世袭印信。”[《清世祖实录》卷87，顺治十一年十二月己巳。]有可能此时清朝换给土司印信更加制度化。
此后不断有土司被招抚的事例。顺治十三年（1656年）四月两广总督李率泰疏报：粤西投诚伪永安王朱华堧及伪总兵官知府土司共一百五十余员，缴伪印关防四十四颗[《清世祖实录》卷100，顺治十三年四月辛亥。]。六月宁南靖寇大将军阿尔津等奏报：湖广容美宣慰使司土司田吉麟以所部兵二万缴印投诚[《清世祖实录》卷102，顺治十三年六月辛丑。]。十月宁南靖寇大将军阿尔津等疏报：土司永顺总兵彭弘澍率其部下官吏并籍所属三州、六司、三百八十洞户口以降[《清世祖实录》卷104，顺治十三年十月壬寅。]。清廷授投诚土司总兵官彭弘澍太子太保，赐貂裘、弓矢、鞍马、缎币等物，并赏所属宣慰使彭诏焕、长官司向光冑、向任朝、黄甲、田国宾、汪世忠、张应斗等袍服等物[《清世祖实录》卷104，顺治十三年十一月戊午。]。清朝随即在招抚的土司地区设学，推行教化。如复设广东雷连各瑶峒社学一所，教读一名[《清世祖实录》卷110，顺治十四年七月癸卯。]。湖南辰州五寨司界接苗瑶，照旧例设学，考取童生七名、廪生六名、增广生八名，科举三名，出贡年分俱照各县事例，两年一贡[《清世祖实录》卷126，顺治十六年六月辛丑。]。贵州苗民中，有文理稍通者准送学道考试。择其优者取入附近府州县卫学肄业，仍酌量补廪出贡[《清世祖实录》卷135，顺治十七年五月壬申。]。
顺治十四年三月清廷以太祖太宗配享礼成颁诏天下，重申顺治五年奉太祖武皇帝配天及追尊四祖考妣帝后尊号所下诏书中的两条招抚土司政策[《清世祖实录》卷108，顺治十四年十月壬寅。]。顺治十五年正月又以皇太后圣体康豫，颁诏大赦天下再次重申顺治五年诏书中的两条招抚土司政策[《清世祖实录》卷114，顺治十五年正月庚子。]。
顺治十五年清军西南军事顺利，清廷不断告诫军前处理好与土司的关系，强调招抚。该年三月谕平西大将军平西王吴三桂等：“今念贵州等处民苗杂处，当先加意抚绥，安辑民心，尔等帅领大军经过府州县及土司蛮峒等处地方，当严行约朿官兵。凡良民苗蛮财物及一草一木勿得擅取，惟务宣布仁恩，使彼乐于归附。傥官民人等不遵纪律仍行抢掠者，即加处治，以示惩戒。尔等所领汉兵一并严行禁饬，其未辟地方须多发告示，遍行晓谕。尔等受兹敕旨，当恪遵奉行，勿致扰守地方，以副朕除暴巡民至意。[《清世祖实录》卷115，顺治十五年三月甲辰。]”五月征南将军固山额真赵布泰奏报：大兵已抵贵州，所过南丹州、那地州、抚宁司各土司兵民及独山州官民俱来就抚[《清世祖实录》卷107，顺治十五年五月甲子。]。年底清廷敕谕安远靖寇大将军信郡王多尼、平西大将军平西王吴三桂、征南将军固山额真赵布泰等：“朕以南服未定，特命王等率大军进讨湖南、四川、贵州、云南等处地方。所有土司等官及所统军民人等，皆朕远徼臣庶，自寇乱以来久罹汤火，殊可悯念。今大兵所至，有归顺者俱加意安抚，令其得所，秋毫无有所犯。仍严饬兵丁勿令掠夺，其中有能效力建功者，不靳高爵厚禄，以示鼓劝。王等即刊刻榜文行传谕，使土司等众知朕轸恤遐陬臣民至意。”[《清世祖实录》卷122，顺治十五年十二月己丑。]进一步向土司宣传清朝的招抚政策。此后不断有土司投诚，顺治十六年（1659年）四月多尼等又奏报：臣等至云南省城，有土司官王耀祖等二十余员，各率所属猓猓村兵丁人口，赍伪敕印诰命札付投诚。清廷下所司议叙[《清世祖实录》卷125，顺治十六年四月甲寅。]。
清朝开始制定管理土司的有关制度。顺治十六年贵州巡抚赵廷臣疏言：
贵州古称鬼方，自大路城市外，四顾皆苗。其贵阳以东苗为伙，而铜苗九股为悍，其次曰犬革狫、曰犬羊犷、曰八番子、曰土人、曰峒人、曰蛮人、曰冉家蛮，皆黔东苗属也。自贵阳而西猓猓为伙，而黑猓猓为悍，其次曰仲家、曰宋家、曰蔡家、曰龙家、曰白猓猓，皆黔西苗属也。虽种类不同，要皆专事劫杀，父子兄弟群处，强凌弱，众暴寡，绝无先王礼义之教，其由来旧矣。故驭苗者往往急则用威，威激而叛；缓则用恩，恩滥而骄。虞舜用干羽，汉武封夜郎，武侯纵孟获，非故宽之也，皆有深意存焉。盖以教化无不可施之地，而风俗无不可移之乡也。即如苗性至诈，而可以信孚；苗性至贪，而可以廉感。其作梗衢路，宜仿保甲之规；其仇杀抄劫，宜立雕剿之法。又赏罚之条必信，馈送之陋必革。凡此皆臣所当悉心力行，不敢赘陈。惟是我皇上创辟大一统之业，乘此遐荒初辟，首明教化以端本。始其大者莫如作养世禄，今后土官应袭，年十三以上者令入学习礼，由儒学起送承袭，其于属子弟愿入学者听补廪科贡，与汉民一体仕进，使明知礼义之为利，则儒教日兴而悍俗渐变矣。其次又莫如预制土官，夫土舍私相传接，支系不明，争夺由起，遂致酿成变乱。今后每遇岁终，土官各上其世系履历及有无嗣子，开报布政司。三年当入觐，则预上其籍于部，其起送袭替时有争论奏扰者，按籍立辨。斯方策既明，而衅端预杜矣。此黔省驭苗根本之图，惟睿鉴敕部覆行。[《清世祖实录》卷126，顺治十六年五月庚辰。]
于是下有关部门讨论。结果：“命贵州土官每遇岁终，各将世系履历及有无嗣子开报布政司注册，三年入觐时报部，以凭稽核。”[《清世祖实录》卷127，顺治十六年八月己丑。]文中谈到了“宜立雕剿之法”，即如老雕出其不意袭击目标的方法[ 根据康熙四十七年闰三月十二日《湖广提督俞益谟奏陈所属苗民情况及剿抚之法折》记载：“所谓雕剿者；彼地镇将稔知某寨苗子不法，时出不意而扑杀之，如鹰之攫物者，是昔顺治拾肆年副将吴长春以此制苗。”（中国第一历史档案馆编《康熙朝汉文朱批奏折汇编》第325号，第一册，档案出版社1984年版第917页。）即如老雕袭击一样，发现目标出其不意快速打击。可知贵州巡抚赵廷臣是在重提此法。事实上清朝对付南方少数民族的“雕剿”之法，沿袭于明朝。《明史》卷178《朱英传》记载：“自韩雍大征以来，将帅喜邀功利，俘掠名为鵰剿。”同卷记载韩雍大征广西大藤峡事在成化元年，成化十一年朱英任两广总督，所以“雕剿”一词至少成化年间已经出现。又嘉靖年间明朝征伐两广少数民族多采用“雕剿”之法，较早的记载如明嘉靖十一年九月壬子，兵部覆镇守两广总兵官咸宁侯仇鸾条陈地方事宜提到：“一、两广截杀雕剿之功与大征等，赏格不宜独轻。请悉仿南方蛮贼事例，一体升赏。”（《明世宗实录》卷142）]，对付苗人的“仇杀抄劫”。文中涉及的“土舍”，当是土司的子弟之意[ 李世愉《清代土司制度考》第四章《土司制度考·土舍考》，中国社会科学出版社1998年版第187-205页。]。而对于“土舍私相传接”导致争夺变乱，采取“预制土官”[ “预制土官”在一定程度上沿袭了明朝制度，正德《明会典》卷8《吏部七·验封清吏司》规定：“其湖广、四川、云南、广西土官承袭，务要本司委官体勘，别无争袭之人，明白取具宗支图本，具官吏人等结状，呈部具奏，照例承袭，移付选部，附选司勋贴黄，考功附写，行止类行到任见到者关给札付，颁降诰敕。”另请参见万历《明会典》卷6《吏部五·土官承袭》，卷121《兵部四·土夷袭替》。]的办法，即土司向布政司开报世系履历及有无嗣子，预上其籍于部，袭替发生争执时，按籍立辨。清朝在此之前的顺治初年已经制定了包括这些内容的土司承袭制度，请看《大清会典》的记载：
顺治初年定：土知府、同知、通判、知州、州同、州判、吏目、知县、县丞、主簿、典史、经历、知事、巡检、驿丞等文职承袭，由部给牒，书其职衔世系及承袭年月于上，名曰号纸。其应袭职者，由督抚察实，先令视事，令司府州县，邻封土司信服者亦许承袭。子或年幼，由督抚题明注册，选本族土舍护理，俟其年至十五岁时请袭。又定：土官年老有疾，请以子代者听。又定：土官亲生之子未满十五岁者，该督抚题明注册，将事务委族人护理，俟其子长成具题承袭。如土官受贿隐匿凶犯逃人者革职提问，不准亲子承袭，择本支伯叔兄弟兄弟之子继之。若有大罪被戮，即立夷具结。及本族宗图、原领号纸咨部具题请袭。又定：凡承袭之土官，嫡庶不得越序，无子许弟承袭，族无可袭者，或妻或婿为夷土司素所推服者，以继其职。[ 光绪《大清会典事例》卷145，《吏部·土官·土官承袭》，中华书局1991年影印本，第2册，第852页下。]
清代土司承袭需要吏部颁给“号纸”，承袭年龄为15岁，还规定了继承的监护、顺序问题。从后来清朝的实践来看，“号纸”与“印信”是土司得到中央政府承认的两项凭证[ 关于印信与号纸，可参阅李世愉《清代土司制度考》第三章《清代土司制度》一、（三）印信与号纸，中国社会科学出版社，1998年版，第118-120页。]。
顺治十七年正月皇帝省躬引咎，颁诏大赦天下，再次重申顺治五年奉太祖武皇帝配天及追尊四祖考妣帝后尊号所下诏书中的两条招抚土司政策[《清世祖实录》卷131，顺治十七年正月辛巳。]。同年八月有云南车里宣慰司土司刀木祷投诚[《清世祖实录》卷139，顺治十七年八月丙申。]，赏车里土司刀木祷貂裘、缎疋、鞍马等物[《清世祖实录》卷143，顺治十七年十二月甲午。]。
顺治朝部分地区还实行了改土归流。计有以下事例：顺治六年，云南元江军民府（原注：后裁军民二字）改流，裁土知府一人，设流官。十六年，云南广南府改流，裁土知府一人，设流官。十七年，四川遵义军民府（原注：后裁军民二字）改流，裁土知府一人，设流官[ 光绪《大清会典事例》卷32，《吏部一六·各省土官世职》，第1册，第411页下-412页上。]。
《清世祖实录》与《清圣祖实录》记载土司体例有所不同。前面说到《清世祖实录·修纂凡例》涉及土司的体例是：“满汉文武官制、衙门及土官设立更改者书”。而《清圣祖实录·修纂凡例》则规定：“一、边远地方土司、酋长归化投诚书，宣抚、宣慰招讨等使授职袭职书，改土为流亦书。”说明土司投诚、袭职事例增多，清朝史官做出专门规定，而且“改土为流”首次被清实录纂修凡例提出，说明雍正朝史官将“改土为流”视为康熙朝的重要政事。
康熙初年继续奉行顺治时期招抚土司的相关政策。康熙元年（1662年）九月平西王吴三桂疏言：“云南土司倾心向化，大则抒忠献土，小则效职急公，勤劳既着，劝励宜先。查滇志可据，忠悃有凭者文职五十六员、武职十六员，请敕部给与号纸。下部议。”[《清圣祖实录》卷7，康熙元年九月丙戌。]这是对云南全省土司大规模的任命，任命要给与“号纸”，也就是说云南全省土司纳入清朝的统治体系。土司归顺也在继续。康熙二年五月湖广总督张长庚疏报：忠建、高罗、木册三处土司缴印投诚[《清圣祖实录》卷9，康熙二年五月辛未。]。同月广西巡抚屈尽美疏报：庆远府土知县莫宗诏，土司邓世广、韦盛春缴印投诚[《清圣祖实录》卷9，康熙二年五月丙子。]。康熙八年九年云贵地区招抚苗人成效显著，云南贵州总督甘文焜疏报：赧牛等四十九寨野苗慕义来归[《清圣祖实录》卷31，康熙八年十二月庚申。]，定番州所属岗渡等一百四十五寨苗蛮倾心归化，请纳赋起科[《清圣祖实录》卷32，康熙九年二月己巳。]。贵州巡抚佟凤彩疏言：贵州有红黑二苗，那磨等共三十六寨苗人倾心向化，呈送户口粮册[《清圣祖实录》卷33，康熙九年八月庚戌。]。清朝接受了地方官的请求。
清廷开始对于部分地区土司实施有效管理。其主要措施一是对土司子弟进行儒家教化，使其知礼仪。康熙帝继位不久清廷采纳礼部建议，同意云南巡抚袁懋功疏言：“滇省土酋既准袭封，土官子弟应令各学立课教诲，俾知礼义。地方官择文理稍通者，开送入泮应试。”[《清圣祖实录》卷2，顺治十八年三月甲戌。]康熙五年十月广东广西总督卢兴祖疏言：“粤西土司俗无礼义，尚格斗，争替争袭连年不解。夫更化善俗莫先于学校，请令各土司子弟，愿习经书者，许在附近府县考试。文义通达，每县额取二名，俾感于忠孝礼义，则争斗之风自息。下部议行。”[《清圣祖实录》卷20，康熙五年十月丙辰。]除了云南、广西之外，康熙后期“湖广”也准许土司子弟参加科举考试[《清圣祖实录》卷222，康熙四十四年九月壬午记载，原任湖广总督喻成龙疏言：“湖广南北各土司子弟中有读书能文者，注入民籍，一同考试。”被清廷采纳。]。二是制定土司贡赋的管理条例。康熙五年九月户部议定云、贵、川、广四省土司拖欠钱粮土官考成则例。得旨：“土司皆系边方世职，与在内有司官不同，不必照流官考成，按分数处分。”[《清圣祖实录》卷20，康熙五年九月壬寅。]是为清代“土司贡赋”最早的规定，收入清会典，此后两年清廷又制定规章：“六年覆准，四川石砫土司有山坡草地应纳之粮，均折银，按三年一征。七年覆准，各土官经征钱粮，一年内全完者，督抚题明奖赏银牌花红，永为定例。”[ 光绪《大清会典事例》卷165，《户部一四·田赋七·土司贡赋》，第2册，第1099页上；又，此后记载了康熙后期的事例：“五十一年覆准，四川化林协属各土司，三年一次贡马，照例折价交收。”]土司贡赋作为制度，乾隆《大清会典》做了如下概括：“凡土司贡赋，川广云贵布政使司所属宣慰、宣抚、安抚长官等司，及土府州县社寨夷猺，向化旣久，或比年一贡，或三年一贡，各因其土俗以定制焉。”[ 乾隆《大清会典》卷10，《户部·田赋》，台湾商务印书馆1986年影印文渊阁四库全书本，第619册，第122页下。]此外，康熙初年还有一些土司管理的事例。如康熙二年九月“以土官冉奇镳为酉阳等处军民宣慰使司，给予印敕。”[《清圣祖实录》卷10，康熙二年九月庚辰。]康熙三年（1664年）六月广西巡抚金光祖疏言：左江守巡二道所辖者浔、南、太三府，并思明土府与南宁、太平所属二十八土司，自巡道裁撤归并守道，非一官所能兼摄。查桂林巡道事务甚简，应改为左江巡道仍驻札南宁，左江守道仍驻浔州。将桂林巡道事并桂平守道兼管。清廷从之[《清圣祖实录》卷12，康熙三年六月壬子。]。康熙四年二月清廷命湖广投诚土司田养民承袭忠建宣抚司，田经承袭高罗安抚司[《清圣祖实录》卷14，康熙四年二月癸亥。]。
清初的统一战争也开启了清代的改土归流。《清圣祖实录》出现了改土归流事例，改土归流在《清圣祖实录》分别记载为“改土为流”或“改土归流”。具体事例如下：
贵州水西、马乃、乌撒三土司在顺治、康熙之际进行了较大规模的改土为流。顺治十七年（1660年）八月平西王吴三桂奏言：“贵州水西土司安坤久蓄异谋，近闻刑牲祭鬼将为不轨。又马乃土目龙吉兆兄弟私受李定国伪敕缮器称兵，逆形已彰，臣念水西、马乃为用兵要路，未可容其窥伺梗阻。臣欲为先发制人之策，乘其未动，早为剿平，以清肘腋之患。又乌撒土司安重圣亦反侧叵测，所当并图收拾，以伸国威者也。”[《清世祖实录》卷139，顺治十七年三月癸丑。]议政王贝勒大臣密议速奏：“水西土司安坤、马乃土司龙吉兆、乌撒土司安重圣等阳顺阴逆，中怀叵测，应如所请，悉心筹划，相机歼剿。”[《清世祖实录》卷141，顺治十七年八月辛亥。]得到皇帝的首肯。顺治十八年三月平西王吴三桂疏报克平马乃土司，擒获龙吉兆[《清圣祖实录》卷2，顺治十八年三月戊午。]。随后根据云南贵州总督赵廷臣疏言：“马乃土司应改为普安县，设知县一员。又分设土司巡检，准令世袭，听其土俗自治。仍节制于县官，并将姓名报部，以便后裔承袭。”[《清圣祖实录》卷3，顺治十八年七月已卯。]不久云南贵州总督赵廷臣又疏言：“马乃土司应改设流官，俟三年后风俗渐移，人心渐正，立之学宫，以广文教。”[《清圣祖实录》卷4，顺治十八年闰七月已卯。]清廷从之，马乃土司改土为流。康熙四年（1665年），云南景东、蒙化二府俱改流，各裁土知府一人，设流官[ 光绪《大清会典事例》卷32，《吏部一六·官制一六·各省土官世职》，第1册，412页上。]。康熙五年二月贵州水西土司改土为流，以土司安坤故地比喇为平远府、大方为大定府、水西为黔西府，改比喇镇为平远镇，调云南曲寻武沾总兵官刘文进为平远总兵官[《清圣祖实录》卷18，康熙五年二月壬子；光绪《大清会典事例》卷153《户部二·疆理二·贵州省》记载：（康熙）“五年，设大定、威宁、平远、三府，均土司改设。”第2册，第949页上。]。康熙五年九月改乌撒土司为威宁府归贵州省统辖[《清圣祖实录》卷18，康熙五年九月辛卯；光绪《大清会典事例》卷32《吏部一六·官制一六·各省土官世职》记载：“五年，改四川乌撒军民府为威宁府，裁土知府一人，设流官，归贵州管辖，其原设土同知以下等官，并隶贵州省。”第1册，第412页上。]。在平定西南战争中，贵州曹滴司也改土为流。明朝洪武初年在贵州设曹滴洞蛮夷长官司，清康熙元年云南总督赵廷臣疏言曹滴司改土为流，请令黎平府经历管理。清廷从之[《清圣祖实录》卷6，康熙元年六月甲子。]。康熙五年，在广西设西隆州西林县，由“土司改设，隶思恩府。”[ 光绪《大清会典事例》卷153，《户部二·疆理二·广西省》，第2册，第946页上。]
清初清朝中央对于西南土司的控制很短暂，康熙十二年（1673年）清廷决定撤掉镇守西南的平南王、靖南王、平西王三藩，平西王吴三桂于年底叛清起事，西南地区实际属于吴三桂的控制之下，当然也包括其中的土司。清廷用了八年的时间，于康熙二十年（1681年）平息了三藩之乱。
在平定三藩之乱的战争中，清廷继续实行招抚土司的政策并制订了管理土司的制度。康熙十四年（1675年）议准：“土官地方失事，止限年缉拿，限满不获降一级留任。如斩绞重犯脱逃亦限年缉拿，限满不获，应降一级二级三级调用者止降一级留任，应降四级五级调用者止降二级留任，应革职者止降四级留任。如遇贪酷不法等罪，所犯重大，仍行革职。如讳盗因公诖误例应革职等罪者，皆免革职，亦降四级留任。”[ 光绪《大清会典事例》卷119，《吏部一０三·处分例·边禁》，第2册，第 544页上。]康熙十五年六月云南土司总兵陆道清等各率所属官兵相继来降[《清圣祖实录》卷61，康熙十五年六月戊寅。]，命优升投诚云南土司总兵陆道清为左都督兼太子少保，并其与其它投诚者往湖南招抚[《清圣祖实录》卷61，康熙十五年六月己卯。]。七月广西巡抚傅弘烈疏言：收复广西云贵须招集土司，土司官员专取凭于印信，若以广西、云南各土司印信颁发，招抚一处即给一新印，以杜反复，则逆贼可不烦大兵而灭。康熙皇帝谕旨：“土司印信礼部铸给”。[《清圣祖实录》卷68，康熙十六年七月丁酉。]康熙十六年八月定远平寇大将军和硕安亲王岳乐等疏言：猓猓总兵官陆道清请还云南，相机鼓励土司。康熙帝命遣陆道清回云南宣布宽大德意，晓谕土司倘未便举事，亦听其还乡，使彼父母妻子得以完聚[《清圣祖实录》卷68，康熙十六年八月丁未。]。康熙二十年正月定远平寇大将军固山贝子章泰等疏言：云南土司龙天佑迎降，请身率土兵防守要隘。康熙帝命以龙天佑为都督佥事、管领土司总兵官[《清圣祖实录》卷94，康熙二十年正月辛酉。]。又以土司总兵龙天佑自首伪将军线緎所授伪牌，为都督同知[《清圣祖实录》卷94，康熙二十年二月甲午。]。同年八月勇略将军云南贵州总督赵良栋疏言：建昌土司安泰宁招聚贼众，逆迹显然，请行剿灭。康熙帝指示：“建昌地关重要，川陜总督哈占、将军王进宝、四川巡抚杭爱等多方招抚土司安泰宁，勿致生事。若抗拒不服，该将军酌拨官兵，速行翦除。[《清圣祖实录》卷97，康熙二十年八月己丑。]”仍以招抚为主。有的地方官认为用土司可以保证钱粮的征收，如康熙十二年十二月户部议覆贵州巡抚杨雍建疏言：贵阳等七府汉土司钱粮，若归并附近知县管理，恐呼应不灵。请仍令该土司管理，责令知府督催。应如所请。得到康熙帝首肯。[《清圣祖实录》卷99，康熙二十年十二月壬辰。]
二、平定三藩之乱后对土司的处置
康熙二十年（1681年）平定三藩之乱收复西南地区后，清朝才真正面临土司的管理问题。康熙皇帝注意保护土司不被地方官骚扰。康熙二十一年八月九卿议准湖广容美土司田舜年请开矿采铜，康熙帝认为：“开矿采铜，恐该管地方官员借此苦累土司，扰害百姓，应严行禁饬，以杜弊端。”[《清圣祖实录》卷104，康熙二十一年八月庚子；又见中国第一历史档案馆整理《康熙起居注》中华书局1984年版，第2册，第887页。]同年十二月“兵部同意云南贵州总督蔡毓荣疏言：请禁民人及土司携藏兵器，并不许汉人将铅、硝、硫黄货与彝人。康熙帝指示：‘众土司人等全赖弩弓长枪捕猎以为生计，今概行禁止，则土司俱失其生业。治民惟在所司官抚绥安戢，若不爱惜兵民，肆其残虐，民操白梃亦可为非。九卿详议以闻。’”[《清圣祖实录》卷106，康熙二十一年十二月壬午；又见《康熙起居注》，第2册，第931页。]九卿会议云南贵州总督蔡毓荣条奏土司事宜时，康熙帝对大学士等说：“此内土司承袭事宜似属有理。昔吴三桂未叛时，构怨征讨水西，曾灭土司安坤，其妻率所属奔于乌蒙地方，后生子安世宗。今此子尚幼，朕观平越、黔西、威宁、大定四府土司，原属苗蛮，与民不同，以土司专辖，方为至便。又谕曰：大兵进取云南，此土司曾前来接济，著有勤劳。尔等可传出征大将军贝子章泰、都统赖塔等，询问情形来奏。”[《清圣祖实录》卷106，康熙二十一年十二月癸未；又见《康熙起居注》，第2册，第931-932页，实录中土司“安坤”，起居注中作“安鲲”。]转年，贵州土司继承问题继续讨论，有人提出改土归流问题，贵州提督赵赖疏言：土司安胜祖宜授以文职，若授武职，恐致妄为。康熙帝说：“土司事宜，或云宜补流官，或云宜补土官，或云可令管兵，或云不可令管兵，种种陈奏不一。云南贵州离京甚远，往来移文多需时日，遣该部贤能司官一员，前往会同云贵督抚提督酌量彼处情形，详加定议具奏，则一举可毕矣。”[《清圣祖实录》卷108，康熙二十二年三月戊午；又见《康熙起居注》，第2册，第970页。]康熙帝还对差往贵州酌议土司事宜兵部侍郎库勒纳等说：“曩时逆贼吴三桂见土司富厚，因起兵收服之。今既归顺，议者往往不同，或云土司系外彝，即令土官管理，易于行事，不可遂取其地。或云土司予以大职，令其管理事务，恐有权柄，不为我节制。或云我所取之地，何复令彼管理，仍取之为便。或云设流官管理，可多得钱粮。朕思土司地方止有大定、黔西、威宁、平远四府，钱粮亦不甚多，今遣尔等前往，务善为区处，使可永远遵行，尔等即定议来覆，毋得游移两可。”[《清圣祖实录》卷108，康熙二十二年三月己巳；又见《康熙起居注》，第2册，第977页。]康熙帝列举了当时官员针对云贵土司的四种意见：第一种意见承认坚持土司的统治，后三种意见尽管提出的角度不同，都认为土司应改为流官归清中央节制管理。康熙帝并不急于作出决定，而是采取调查研究的方式，派官员到当地考察，然后定夺。云南贵州总督蔡毓荣疏言中，建议：“土司世相承袭不由选举，罔识礼义。嗣后土官族属子弟内，有通晓经义、志图上进者，请就郡邑一体应试。”差往区画土司事宜侍郎库勒纳疏请如蔡毓荣言。于是礼部议：“云贵二省，应各录取土生二十五名，其土司隶贵州者附贵阳等府学，隶云南者附云南等府学。不准科举，亦不准补廪出贡。”康熙帝从之[《清圣祖实录》卷113，康熙二十二年十一月癸酉。]。更重要的是，清廷听从了差往贵州料理土司事宜兵部侍郎库勒纳会同云南贵州总督蔡毓荣疏言：“平远、大定、黔西三处原系水西宣慰司安坤所属，威宁一处原系土知府安重圣所属，自康熙四年改为四府，设立流官，相安已久，粮差诸务并未违误，不便复设土官。”[《清圣祖实录》卷113，康熙二十二年十二月戊申。]平远、大定、黔西、威宁四府的改土归流问题才最终确立下来。
康熙朝为了稳定秩序，开始强调将汉族与其它民族区分开来的措施，称之为“边禁”，如三藩叛乱平定后，清廷注意“逃民”与“逃兵”问题：“二十一年议准，土司地方将逃人失察一名，或被别土司拿觧，或逃出之人供在某土司处，将该土司降一级；若在伊该地方明知故行，隐讳不行出首者，照隐匿逃人例革职。二十二年议准，滇黔土司无论逃人逃兵，有拿解六十名者准加一级，如多获者亦照此数递加，不及加级者令该督抚酌量奖赏。”[ 乾隆《大淸会典则例》卷24，《吏部·考功淸吏司·边禁》，第620册，第450页下-451页上。]
康熙帝对土司也不是一味宽容，更重要的是驾驭土司。康熙二十二年（1683年）兵部议覆：舒玉昆等诬告土司阿五叛逆，总兵官张永祥用非刑考讯，应论死。康熙帝认为：“总兵乃边疆大帅，因用非刑考讯阿五遽拟大辟，恐土司自此意气骄纵，渐至不遵法纪，此议太过，可令该部另议以闻。”寻议：“舒玉昆拟斩监候，张永祥革职。”[《清圣祖实录》卷113，康熙二十二年十二月丁未；又见《康熙起居注》，第2册，第1113页。]
康熙二十五年（1686年）二月清廷就土司问题又有一次讨论。康熙帝的一道上谕是重要的史料：
近云贵督抚及四川广西巡抚俱疏请征剿土司，朕思从来控制苗蛮惟在绥以恩德，不宜生事骚扰。今览蔡毓荣奏疏，已稔悉其情由。盖因土司地方所产金帛异物颇多，不肖之人苛求剥削，苟不遂所欲，辄以为抗拒反叛请兵征剿。在地方官则杀少报多，希冒军功；在土官则动生疑惧，携志寒心。此适足启衅耳。朕惟以逆贼剿除，四方底定，期于无事。如蔡毓荣、王继文、哈占等身为督抚，不思安静抚绥，惟诛求无已，是何理也。前出征云南，赵良栋将彼等过端几至发露，穆占之家人举首，朕寝其议。若此等尚多，朕无不洞悉。但事系已结，朕不复究，置之宽宥。至云贵督抚居官殊无善状，或地处辽远，朕不悉知，亦未可定。尔等将此谕旨传示九卿、詹事、科道，令其详议具奏。寻九卿等会议：土司劫掠，应敕该督抚剿抚并用，请颁上谕通行晓谕。从之。[《清圣祖实录》卷124，康熙二十五年二月庚子。]
可见地方督抚为了攫取土司地区所产金帛异物，寻找“抗拒反叛”理由请兵征剿，希图邀功请赏，适足启衅。“土司劫掠”可能也是常见现象，所以九卿会议应敕该督抚剿抚并用，并得到皇帝的认可。康熙帝继续寻求更有效的土司政策：
谕吏部、兵部：我国家扫除逆孽，平定遐荒，即负山阻箐之苗民，咸输诚供赋。封疆大吏自宜宣布德意，动其畏怀，俾习俗渐驯，无相侵害，庶治化孚于远迩。近见云南、贵州、广西、四川、湖广等处督抚提镇各官，不惟不善加抚绥，更尔恣行苛虐，利其土产珍奇，赀藏饶裕，辄图入己。悉索未遂，因之起衅，职为厉阶。蠢尔有苗，激成抗拒，即擅杀一二，谎称累百盈千。始黩货以生端，既邀功而逞志，藐玩因循，殊负委任。朕思土司苗蛮授官输赋，悉归王化，有何杌陧，互相格斗，无有宁居。嗣后作何立法，务令该地方督抚提镇等官洗心易虑，痛改前辙，推示诚信，化导安辑，各循土俗，乐业遂生。亦令苗民恪遵约束，不致侵扰内地居民，以副朕抚驭遐方至意。着九卿詹事科道、会同逐一详议具奏。[《清圣祖实录》卷124，康熙二十五年二月丁未。]
当时恰好广西地方官入觐，提出了一些有关看法：
吏部议覆：入觐广西按察使黄性震疏言：粤西南宁、太平、庆远、思恩四府土司杂处，瘴疠熏蒸，官斯土者病亡接踵。请敕该督抚就近选择熟悉风土廉能官员，如三年内果称厥职，照台湾例即加优升，以示鼓励。应如所请。嗣后此四府所属各官吏部停止铨选，令该督抚于品级相当见任官员内，拣选通判知县以上具疏保题调补，杂职等官止令报部注册，照台湾例论俸升转。从之。[《清圣祖实录》卷124，康熙二十五年二月癸丑。]
礼部议覆：入觐广西布政使教化新疏言：粤西土司僻处边峒，不识诗书，不明礼义，狠悍成性。请敕该抚谕令各土司官，有愿送子弟就近府州县读书者，命该教官收纳训诲。应如所请。从之。[《清圣祖实录》卷125，康熙二十五年三月丙辰。]
两条新政策中，前者反映出当时官员视改土归流地方任官为畏途，害怕瘴疠危及生命，于是就近选择官员三年即升迁的鼓励政策；后者是为了教育土司子弟，以明礼仪。
康熙二十五年闰四月浙江提督陈世凯建议武职也同文职一样讲读“上谕十六条”，特别提到：“至各省土司亦属武职，尤宜亟为讲读，更征远迩同风教化大行之治。”[《清圣祖实录》卷126，康熙二十五年闰四月甲子。]九卿议行武官勤加劝谕。在陈世凯看来，提高土司文化水平有利于教化。
康熙帝对于土司基本采取因俗而治的政策。康熙三十一年（1692年）三月，贵州巡抚卫既齐密题，请求进剿黎平府属古州司高洞苗人，遭到康熙帝的否决。这一讨论有助于理解康熙朝的土司政策，对于认识后来因此，我们首先介绍康熙帝对于卫既齐密题的看法。卫既齐密题的内容是：
黎平府属古州司高洞凶苗金倒等刦杀吴千金情由，委土官杨霞鼎前往查验，又委八舟司吏目刘浡率役同往，不期苗蛮伏兵杀死吏目刘浡及司役兵丁二十余人，臣差官持示训诲，令将元凶自行擒献，以免多戮，逆苗不肯自献首恶，竟将原示退还，诚国法所难容，臣与督、提谘议，速拨官兵，刻期进剿。[ （清）库勒纳等奉敕撰《清朝起居注册·康熙朝》，台北：联经出版事业公司2009年版，第3册，第1319-1320页。]
贵州巡抚卫既齐征得总督与提督同意，请求朝廷派兵进剿杀死土官的高洞苗人。康熙帝举例说，山东于七原系良善之人，被人告讦，衙役往捕，地方官率众围捕，清廷发兵往剿，酿成大案。告诫臣下不可轻发官兵：
凡土司苗人遇有小事，地方官理应善为抚慰，勿致生事。这案即遣官兵进剿，殊属轻率，兵部确议具奏。[ 《清朝起居注册·康熙朝》，第3册，第1322-1323页。]
在康熙帝看来，土司苗人之事，地方官应进行抚慰，以免生事，遣官兵进剿属轻率行为。七月，卫既齐疏言：土官卢君宠扰害苗民，肆行凶恶，应请革职。其长子卢大干素行不法，不便仍准承袭，应以次子卢大晋承袭。康熙帝谕大学士等说：“土司习俗各异，必顺其性而抚治之，方为得宜。卫既齐每拘泥书本办事，欲强土司屈从其性。在山东居官时，朕以其有守擢为巡抚，今观其于土司之事屡生衅端，此等人不可专任。着俟库勒纳等查审完结，一并察明议奏。”[《清圣祖实录》卷155，康熙三十一年七月壬戌。]卫既齐不能因俗而治受到皇帝批评。三十五年（1696年）七月贵州巡抚阎兴邦题土司等官有因罪革职者，停其子孙承袭，其土司生员令其科举。部议不准。康熙帝指出：“此事行之已久，若遽更改，人心何能允洽。”[ 《清朝起居注册·康熙朝》，第7册，第4411-4412页。]认为更改旧例恐人心不服。该年八月，兵部题阎兴邦请增武举额数。康熙帝再次指出：“遵行年久之事，频加更改，于事无益。况云南、贵州、广西、四川俱系边地，土司甚多，只宜顺其土俗，照定例行，不可兴起事端。”[ 《清朝起居注册·康熙朝》，第7册，第4431-4432页。]认为更改年久之事无益，因俗而治，遵守定例，可免事端。
清廷也注意加强对贵州的控制。康熙三十七年十月因贵州水西宣慰使安胜祖病故，承袭无人，将宣慰使停袭。水西土司所属地方改归大定、平远、黔西三州流官管辖[《清圣祖实录》卷190，康熙三十七年十月甲寅。]。当时威宁、大定府设总兵官二员，黔西、平达二处俱设副将。因地方上有人擅自开矿，康熙帝派官员到水西地方“将土司苗蛮及百姓生业地方形势，详加審视”[ 《清朝起居注册·康熙朝》，第12册，第6769页。]。四十年十月二十五日，威宁总兵孟大志赴任陛辞，康熙帝嘱咐他：“威宁係吴三桂变后新复之地，苗民杂处，设立总兵最为紧要，须要兵民相安。”[ 《清朝起居注册·康熙朝》，第16册，第8966页。]
平定三藩后直到清中期，清朝进一步完善了土司承袭制度。《大清会典事例》概括了土司承袭的基本规定：
康熙二十一年议准：土官受贿隐匿凶犯逃人者革职提问，不准亲子承袭，择本支伯叔兄弟、兄弟之子继其职。二十五年议准：督抚提镇等官，如有需索土司以致起衅者，许该督抚互相纠参，将启衅之人革职从重治罪，如督抚互相容隐，一并从重治罪。至土司苗民等不遵约束，肆行抢夺，无故侵扰内地居民者，该督抚等一面题明情由，一面发兵剿灭。三十五年覆准：土官公罪应降三级以内调用者降一级留任，应降五级以内调用者降二级留任，应革职者降四级留任，如有贪酷不法等罪仍革职。又覆准：凡土官有钦部案件奏销钱粮及迟误表笺等项，均照流官例一体处分，土官不食俸禄，如有罚俸降职等事，俱按其品级计俸罚米，每俸银一两，罚米一石。[ 光绪《大清会典事例》卷145，《吏部·土官·土官承袭》，第2册，第853页。]
从中可以看出，与顺治朝相关规定相比较，土司承袭的要求更加严格，对于不法土司则予以处罚[ 关于土司承袭制度，可参阅李世愉《清代土司制度考》第三章《清代土司制度》二、土司承袭制度与分袭制度，第120-127页。]。其中康熙二十五年规定督抚提镇等官不得需索土司[《康熙起居注》康熙二十三年七月二十二日记载：“又议徐国相题无籍棍徒罗玉明改名彭兆渭，欲夺土司官职，俟严审具题到日再议。上曰：‘此等土司承袭官职等事，督、抚地方官员受贿赂者甚多。这事应差司官一员详审，可发与大学士拟票签送来。’”“需索”与“贿赂”是土司承袭中比较严重的不法现象，当时存在此种情形。第2册，第1205页。]以致起衅，说明类似情况存在。同时对于土司苗民等不遵约束，肆行抢夺，无故侵扰内地居民者，允许督抚等发兵剿灭，对于土司招抚的政策趋向抚剿结合。如后面所涉及的，这是康熙二十四年征剿湘西生苗后出台的规定。
对于土官的管理也更加严格。康熙三十年题准：“土官凡有钦部案件奏销钱粮及迟误进御表笺等项，皆应照处分流官定例一例处分。但土官不食俸禄，如有罚俸降俸等事，皆照其品级计俸罚米，每俸银一两罚米一石，移储就近常平仓，以备赈荒。”[ 光绪《大清会典事例》卷119，《吏部一0三·处分例·边禁》，第2册，第544页。]对土官处罚比照流官进行。
地处湖北西部的容美土司（今之鹤峰及五峰、长阳等县）是土家族聚居区，由土司田氏控制。康熙四十二年四月兵部议覆：“土司田舜年疏请以伊职令其嫡子田昞如承袭，其次子田旻如愿入京备使令。所给敕命免缴部，俱无庸议。得旨：逆贼吴三桂作乱之时，田舜年一心效力，颇有劳绩，著依所请，令伊长子田昞如袭职，原领敕命亦着免缴部，其次子田旻如著来京效力。”[《清圣祖实录》卷212，康熙四十二年四月戊戌。]十月清廷派礼部尚书席尔达、副都统图思海、徐九如赴湖广招抚苗人，康熙帝指示说:“如苗人归降，止诛倡乱肆虐之人，否则歼其抗拒不服者，毋得玉石不分，戮及无辜。我满兵凡遇对敌，恃勇以力胜者多。尔等此行，须用计招抚，委婉从事，勿徒恃勇力……土司田舜年前于云南用兵时，输诚协济，殊有裨益，此去可奖励用之。苗人归附之后，探其巢穴，仍加谨慎堤防，不可以彼归顺遂忽视之。”[《清圣祖实录》卷213，康熙四十二年十月戊寅。]康熙帝念田舜年帮助清朝评定三藩的旧情，希望使用田氏子弟。
湖南西部的湘西以及湘黔边地区是苗族聚居区，元明时期由于并未纳入中央朝廷的有效控制，被称为“苗疆”，其中居住的是处于比较原始状态的“生苗”，主要是服饰尚红的“红苗”。明朝为了防止生苗“出掠”筑堡屯兵并修置边墙，隔离生苗，加以控制[ 伍新福《明代湘赣边“苗疆”堡哨“边墙”考》，《中南民族大学学报》2003年第2期。]。顺治年间清朝控制了“苗疆”的沿边和各土司直接管辖的一些苗寨，并对腹地征剿。康熙二十四年（1685年）以“红苗”“出劫”，清偏远巡抚丁思孔遣副将郭忠孝进剿湘西，生苗聚居的腊尔山地区置于清朝的军事控制之下[ 伍新福《清代湘赣边“苗防”考略》，《贵州民族研究》2001年第4期。]。据康熙三十八年（1699年）湖广总督郭琇说：“数年来苗类生齿日蕃，贪性愈狡，陷人勒索，视为不可破之积习，又非可与二十四年同日而语也。”可见生苗很短时间内又积聚起来，仍是当地社会秩序的隐患。郭琇接着说：“自上年十二月内生苗出扰，土人来围塘汛，伤死兵丁，截去把总，以致上渎宸聪，动发师旅，见今调集汉土官兵数千员名，遵旨作速剿抚，巳陆续慑抚，过一百余寨，俱巳甘服向化矣。尚有十余寨乃敢拒敌抗命，盘踞于最险之天星寨，据报此寨在万山之中，悬崖壁立，自下至顶髙数百丈，止有一路在上，中有悬岩五处，乃诸苖平素积粮所恃之险要，屡遣顺苖招谕，抗不就抚。” [ 郭琇《请调沅州镇移驻镇筸疏》，雍正《湖广通志》卷93《艺文志·疏》，文渊阁四库全书本，第534册，第405页上；又该条删节后记载于《清圣祖实录》卷196，康熙三十八年十二月己卯条。]康熙四十二年（1703年）九月二十四日，“奉上谕：湖南红苗自明朝以来，负固不服，今仍劫掠我民人牲畜，生事多端。其附近我处奸民亦抢夺人畜，及事发后，诿罪于红苗者有之。红苗人等不可令在三省接壤之地，以为民害。著照招抚广东八排猺人之例，遣在京大臣前往，带荆州驻防满洲兵一千，并酌带广西、贵州、湖南三省兵，趁此冬月，直逼苗穴，勒令归诚，设立州县，庶几民生不致如此之扰害矣。”[ 《湖广提督俞益谟奏陈所属苗民情况及剿抚之法折》，中国第一历史档案馆编《康熙朝汉文朱批奏折汇编》325号，档案出版社1984年版，第1册，第913-914页。又，文中所谓“招抚广东八排猺人之例”，是指康熙四十一年因广东廉州府连山瑶人“扰害百姓”，命在京都统嵩祝为将军，率八旗前锋四十名、子母炮八位前去，并令湖广提督、广东提督、广西提督各派本省总兵官一员，带绿旗兵四五千，广州亦派旗下兵一千会讨。同年清军招抚瑶人一万九千余人。具体经过可以参看《清圣祖实录》卷206-210有关记载。]于是当年十二月攻陷天星等三百余寨，在辰州府增设干州、凤凰二厅，生苗纳入清朝有效的统治范围。事后康熙帝说：“如湖广红苗，从前边民无不被害，土司及地方文武官隐匿不报。昨岁致讨，彼奔逃无路，歼厥巨魁，宥其胁从，军威震慑。土司逻逻等无不股栗，翕然奉法。”[《清圣祖实录》卷215，康熙四十三年正月辛酉。]表明康熙帝强调对于四川红苗剿抚并用的政策。此外，康熙五十一年（1712年）湖广总督鄂海先后招抚湖南红苗头目吴老化所率毛都塘等处五十二寨三千余人、盘塘窝等八十三寨生苗男妇大小二千一百八十余名，苗目龙天保等前赴武昌投诚[《清圣祖实录》卷250，康熙五十一年六月丁巳；卷251，康熙五十一年九月庚子。]。
康熙四十二年将湘西生苗纳入统治系统后，清朝采取了一系列措施，保证对于湘西的控制。这些措施的主要是：
四十二年题准：湖广镇筸红苗，既设同知通判分界管理苗务，其五寨司土官土民，应听该厅管辖，遇有逃盗等事。照例将土官一并处分。四十三年题准：红苗归诚纳粮，特设土官管辖。除苗人有犯轻罪者仍听土官自行发落外，若有犯杀死人命、强盗掳掠人口、抢夺财物及捉拿人口索银勒索等情，责令土官将犯罪之苗拿解道厅治罪。如土官将犯罪之人藏匿、不即行解送者，革职。又题准：红苗捉人勒银取赎者，令土官将犯罪之苗解送道厅衙门审理治罪外，其该管土官虽不知情，但平日不严行约束，有一起者将土知府知州罚俸三月，有二起者罚俸半年，有三起者罚俸一年。若该管官知情不行禁止者皆革职，责四十板，不准折赎。若系教令或通同取利者革职，枷示三月，不准折赎。又题准：黔楚相接之苗，每因小忿动辄操戈杀掳，彼此拿人，其该管土官虽不知情，但平日不严行约束，以致彼此互相构衅。分众不及五十人者将土知府知州罚俸三月，至五十人者罚俸半年，至百人者罚俸一年，百人以上者革职。若系知情不行禁止者革职，不准折赎，枷示一月，责四十板。若系教令或通同商谋，希图均分财物者，皆照首犯一例治罪。四十七年覆准：民人擅入苗地、民苗结亲往来该管各官失于觉察者，降一级调用，该管上司罚俸一年。又议准：各省地方，遇有民苗争讼事件，该督抚严饬该管各官，作速查审完结。如地界两省，或有关提之人，或有会勘之处，两省大吏务须和衷办理，不得互相推诿。如不肖有司托故稽迟、巧为推卸者，该督抚指名题参，照例分别议处。若该督抚任其迟延推卸，不行题参。亦照例议处。[光绪《大清会典事例》卷119，《吏部一０三·处分例·边禁》，第2册，第544页下-545页上。]
清朝在当地设厅后，五寨司土官土民归厅管辖，红苗纳粮，土官将犯罪之苗拿解道厅治罪，不能擅自处置，土官有约束红苗捉人勒银取赎、黔楚相接之苗互相杀掳、彼此拿人的职责，为了防止苗民因民人进入发生冲突，禁止民人擅入苗地、民苗结亲往来。邻省之间遇有民苗争讼事件，地方官不得互相推诿。事实上，清朝还有改土归流的实践：“凤凰营，康熙四十六年改五寨土司，增置编苖一百十五寨。”[ 雍正《湖广通志》卷4，《沿革志·辰州府》，文渊阁四库全书本，第531册，第159页。]即将明初设立的五寨长官司，改为吏目[ 乾隆《湖南通志》卷19，《关隘·辰州府·凤凰厅》，转引自李世愉《清代土司制度考》第282页。]。
康熙四十三年十一月四川巡抚能泰疏言：“土司争告词状，俱系汉字而原告全不知汉语，皆内地不法之徒潜住土司地方，代写词状之故，请严禁外省游棍，不许擅入土司。土司自有土字，此后一切往来公文词状俱用土司之字，更请于土司属内年力精壮之人，选三四十名，于臣标及提镇标下，匀拨顶补额兵之缺。倘遇土司事务，责令跟随差遣之同往，可以得彼处实情。”被清廷采纳[《清圣祖实录》卷218，康熙四十三年十一月庚戌。]。
康熙四十五年四月湖广总督石文晟疏参容美司土司田舜年，是康熙朝对于湖广土司政策的重要事件。先是石文晟折参容美土司田舜年私造宫殿、暴虐奸淫不法，康熙帝对大学士等说：“昔吴三桂之乱，田舜年略无举动，即此一端，甚为可嘉。今石文晟有此劾奏，或因田舜年与地方官不协所致，其中恐有虚诬，此折且暂停批发。”[《清圣祖实录》卷225，康熙四十五年四月辛亥。]接着石文晟又疏言：“容美司土司田昞如乃贪庸恶劣被参革职拿问之人，今据桑植宣慰司土司向长庚详称：田昞如主仆二人逃在伊处，及臣屡次檄行解审，而土司向长庚竟不将田昞如起解，反捏称田昞如卧病不能前往。至原任土司田舜年既将伊子田昞如题参革职，理应将伊子正妻所生长孙申详袭职。今该土司报称：康熙四十年已将长孙田宜男名字报部，其时田宜男年方十二岁，不久病故，因田宜男名字乃祖父所命，不忍改易，故将次孙仍名田宜男，今实七岁，如开送确实年岁，恐部驳查。据此，田舜年明有欺隐诳报之罪。”康熙帝对大学士等曰：“石文晟前劾土司田舜年何不同此折一并具奏，乃作两次参劾。又折内不言两巡抚，专请交提督审问，此必有故。从前吴三桂自水西乌蒙土司地方进兵取云南，因知其地产银，遂于康熙初年奏请进剿水西，后得其地，分为四府。我军于是役亦大有损伤，今此事虽小，断不可生事。尔等将前后奏折及土司呈词，抄发湖南巡抚赵申乔、湖广提督俞益谟，令其不必会同商议，各出已见，作速具奏。”[《清圣祖实录》卷225，康熙四十五年四月丙辰。]
随后原任容美土司田舜年疏言：“臣暮年始生子田昞如，爱惜太过，不知其恶，是以题请承袭土司。而田昞如袭职之后，恶迹尽露。臣乃摘田昞如土司之印，拘禁之。一而申详督抚，一而题参革职。后奉圣旨准田宜男承袭，有臣仇家桑植宣慰司宣慰使向长庚，诱田昞如逃往伊处，又扬言送往容美为土司，恐吓臣属下人。其子又年幼，不能镇定，人心猜疑。属下土司军民俱恐田昞如报仇，纷纷告请，将臣第三子田曜如为土司。臣赴省见总督申说情由，总督即以臣为与向长庚互讦，违误钦案，交司道官将臣看守，祈皇上俯怜准以土司之职，使臣第三子田曜如承袭。审究向长庚藏匿要犯之情，以肃法纪。”[《清圣祖实录》卷225，康熙四十五年五月壬申。]康熙帝指示：迅速作速征求赵申乔、俞益谟的意见。于是偏沅巡抚赵申乔、湖广提督俞益谟遵旨覆奏容美司土司田舜年不法各款，请命大臣往审。康熙帝派都察院左都御史梅鋗、内阁学士二鬲前往察审[《清圣祖实录》卷225，康熙四十五年六月癸巳。]。
湖广总督石文晟又疏言：“原任容美司土司田舜年来省，臣令藩臬二司暂行拘留，随因中暑病故。又查田舜年降逆贼吴三桂时以其印缴吴三桂，及投诚后于康熙二十年铸印颁给，今验其印乃康熙元年所铸。”认为存在弊端，康熙帝指示此两事仍请梅鋗等一并察审[《清圣祖实录》卷225，康熙四十五年六月戊申。]。
对于此事，官员提出不同处置意见。《康熙起居注》详细记载了宫廷三次讨论的情形，可见康熙皇帝的重视程度。九月二十八日记载：“都御史梅鋗奏称，原任容美土司田昞如酷虐事迹，俱有证据，应革职。桑植宣尉司向长庚，久匿田昞如，应降四级留任。已故容美土司田舜年出征苗子，捏病规避各款，俱有证据，应追革田舜年职。至田舜年私造宫殿，淫乱各款，俱无证据，应无庸议。田昞如土司员缺，应将田昞如子侄中择一人承袭，候旨定夺。湖广总督石文晟等奏称，容美土司田昞如贪酷庸劣，桑植宣尉司向长寅抗拒不将田昞如发出，请俱交部议罪。已故容美土司田舜年恶款，见证有据，请追革田舜年职。田舜年所属之人诉称，田舜年父子俱不善，我等情愿纳粮当差等语。应否将其土地人民入我版图，伏候睿裁。”不过学士二格奏称，案内有名容美土司二十余人，俱未赴审，故未经质审之处甚多。田舜年治病杨医生及殓尸知县洪国柱俱未到，田舜年身死尚未明，倘草率结案，则土司之心不服。分三议具奏。于是康熙帝将决定“此事交九卿、詹事、科、道会议具奏[《康熙起居注》康熙四十五年九月二十八日癸未，第3册，第2017-2018页。]。
十月初六日的记载：康熙帝问大学士等以何人所奏为是。马齐认为督、抚乃地方大臣，所奏必与地方事务确有所见。席哈纳奏以为似当审明田舜年致死情由。张玉书奏称：“督、抚等则言改土司为流官，此欲革土司之意。梅鋗又言，土官请以田舜年之孙承袭，此欲仍存土司之意。改土为流，似为快举。”陈廷敬奏曰：“田舜年身死原由理当研究。”李光地奏曰：“改土为流，虽系快举，还宜斟酌。又闻田舜年极其凶恶，伊等意中殆以为田舜年既死，欲速结其事耳。”马齐又奏曰：“二格言，俟容美土司到齐之日详审虽是，但往提容美土司，来则固好，如其不来，何以处之？”康熙帝说：“田舜年若在，此事易明，今既身故，似难质证。然朕早知田舜年必死，曾有谕旨。今若不审明，何以服土司之心？不得谓土司如红苗之易征也。川、陕、云、贵、湖广、粤东、粤西、福建俱有各种土司。土司甚多，如交地方官征讨，伊等未必有成。”李光地奏曰：“伐无罪之人，圣心亦有所不忍。”康熙帝说：“不但不忍，卽征之亦不易。”[《康熙起居注》康熙四十五年十月初六日庚寅，第3册，第2021-2022页。]
十三日又议覆都察院左都御史梅鋗等三议土司田舜年事。康熙帝说：“此事九卿但议使两造平息。总督石文晟原参田舜年建造宫殿，行凶作恶，是以羁留于武昌府。今田舜年既死，石文晟又奏，欲息其事。且土司等果不法抗拒，则当发兵征剿；土司等若无罪，则当反坐原参之人，朕意以二格所奏为是，大惬人意。此事不便令地方督、抚、提督会审，当于京中特差大臣往审，着以此谕九卿。本发还，另议具奏。”[《康熙起居注》康熙四十五年十月十三日丁酉，第3册，第2025页。]
随即康熙帝命大学士席哈纳、吏部右侍郎张廷枢、兵部右侍郎萧永藻前往湖广，察审容美司土司田舜年一案[《清圣祖实录》卷227，康熙四十五年十月壬寅。]。康熙帝指示大学士席哈纳等人说：“田舜年一事关系土司并于地方总督、提督亦有关系，若不究其本末，辨其是非，则心不服。尔等到彼，可与前次遣往都御史梅鋗、学士二鬲详加研审。如总督理亏则罪坐总督，如土司理亏则罪坐土司，惟公平则人心自服。尔等须出示晓谕土司，若彼果有冤枉许其陈诉。尔等收呈详审穷诘根柢，如无冤枉而钦差大臣至彼地提人不解，反固守关隘，不纳公差，此特欲反耳。竟发荆州大兵立剿之，不可持两端，苟且结案也。总督参田舜年事极其狠毒，今又欲草草完结，何以服人心。九卿并不据大体立议，首鼠两端，愈非理矣。尔等前去若不能辨明此事，则于尔等声名亦大有关系也。”[《清圣祖实录》卷227，康熙四十五年十月丁未；按：文中的“二鬲”即前因《康熙起居注》中的“二格”。]又因审湖广土司田舜年一案回奏不实，革去都察院左都御史梅鋗职务[《清圣祖实录》卷228，康熙四十六年正月乙亥。]。
兵部等衙门议奏：大学士席哈纳等察审土司田舜年一案，疏称原参田舜年僭越淫纵等款俱虚，应毋庸议。其假捏幼孙年岁造册报部希图承袭，又私将伊子田日+昆如冒原任石梁土司田焜之名袭为土司及铸钱擅杀等款俱实，应治罪。但已经身故，亦毋庸议。至向久忠等捏词控告应枷责佥妻安插内地。革职宣慰司土司田昞如暴戾虐民，抗不赴审，应枷责佥妻安插内地。桑植宣慰司土司向长庚隐匿田昞如不解听审，应降四级留任。总督石文晟不行详察草率具题，应降三级调用。巡抚刘殿衡、赵申乔、提督俞益谟将奉旨审理事件不行详察具题，应各降一级罚俸一年。俱应如所题。其承袭容美司土司之职，应将田舜年之子田旼如、田曜如、田畅如、田晱如等开列，请皇帝裁定。康熙帝指示：石文晟着降三级从宽留任，容美司土司着田旼如承袭，余依议。[《清圣祖实录》卷228，康熙四十六年二月辛亥。]后因湖广总督石文晟以病乞休，康熙帝认为：“石文晟人极粗鄙，若为土司而罢其职似未得体，彼既自行引病请休可令解任。”[《清圣祖实录》卷229，康熙四十六年五月丙子。]
容美土司在康熙五十年还因买卖民田问题引起讨论。田旻如请将其所买民田准其勿得赎回。升任巡抚赵申乔称，民田卖与土司，必致互相争竞，请勒限令民赎回。户部认为可以不考虑田旻如的请求。康熙帝再次征求赵申乔意见，赵申乔所奏称，“民与土司名既各殊，理当各分疆界，若令土司得买民田，日久地方必致生事。”[《清朝起居注册·康熙朝》第19册，第10519、10623页。]康熙帝认为赵申乔之言甚是。这种不愿生事的想法，还反映在此后的另一件事情上。五十二年，御史徐树庸请稽查土司处所容留他省之民，应行文该督抚查明定议具奏。康熙帝指出：各省土司不同，陕西之番土司、云南之番土司及猓苗洞民彝民风俗，各有不同，不能令其如一。“且土司与民居处甚近，亦有彼此结亲者，若行文督抚行查，必谓此系科道条奏部内行查者，交与司道转行州县严查，如此则致扰乱矣……总无紧要，何必生事，部内此议不合不准行。”[《清朝起居注册·康熙朝》第21册，第11888页。]否定了稽查土司检查流动人口。
康熙后期土司管理方面。康熙四十九年十二月湖广永顺宣慰司土司彭弘海以年老辞职，命其子彭肇槐袭替。[《清圣祖实录》卷244，康熙四十九年十二月戊寅。]康熙五十年二月四川陕西总督殷泰疏言：打箭炉土司及暖歹土千户马喇长官司等各愿纳马输粮，请于康熙五十年起征。原任偏沅巡抚赵申乔疏言：镇溪所苗民麻隆德等愿归版图纳粮，请将此等苗民令干州同知管辖，辰沅靖道统辖。都得到清廷的赞同。[《清圣祖实录》卷245，康熙五十年二月丁卯。]康熙五十一年十月兵部议覆：湖广总督鄂海疏言，镇筸归顺新苗一百三十五寨，交原招抚之土百户等分管约束，准与土百户职衔。应如所请。至所称每名给步粮一分以为养瞻，查土司无食粮之例，应无庸议。康熙帝指示：依议。土百户需用钱粮无多，着该督抚酌量给发[《清圣祖实录》卷251，康熙五十一年十月丙寅。]。康熙五十三年因“苗人向化”、民知向学，于乾州设立学校，自康熙五十四年为始，岁科取文武生员各八名，以泸溪县训导就近兼摄[《清圣祖实录》卷258，康熙五十三年四月己亥。]。康熙五十三年十月兵部议覆四川巡抚年羹尧疏言：乌蒙土知府禄鼎乾掳掠贵州阿底土司头目禄世华人畜，遣官晓喻，将罪犯隐匿抗不送审，请将禄鼎乾革去职衔，拏解掳掠首恶之人，详审完结。如或仍前违抗，请会同云南、贵州督抚提镇扫荡巢穴，改土为流等语。查禄鼎乾系四川所属，禄世华系贵州所属，两省土司掳掠情由，应令该抚会同贵州巡抚查明具题再议。得旨：此案驳回则为日久土司等知其无碍，益放恣矣。着镶黄旗满洲都统阿尔纳会同云南贵州总督，四川、贵州巡抚提督详审。土司闻遣京师大臣惧而送出罪人则已，设或抗拒，即行征剿，事一举而毕也。不久阿尔纳等奏：乌蒙土知府禄鼎乾掳禄世华人口牲畜，已经退还和息，并请纳粮折价，自康熙五十四年为始，令交藩库。下部议行[《清圣祖实录》卷260，康熙五十三年十月丁亥。]。康熙五十八年五月兵部议覆、四川总督年羹尧疏言：越巂地方尽属崇山峻岭，今建昌属卬部宣抚司土司岭安盘革职，若一旦改土归流，恐别生衅端。岭安盘所辖地方宜暂令其弟岭安柱护理，俟岭安盘子岭天长年岁合例之日另请承袭。应如所请。从之。[《清圣祖实录》卷284，康熙五十八年五月丁丑。]康熙五十九年二月广西巡抚宜思恭疏言：土司承袭世职从无考核，请嗣后大计之期与流官一体考核优劣，其升赏降革之处仍照土司定例遵行。如该管官员有举核不实者，一并议处。吏部议覆：应如所请。得到皇帝的肯定。[《清圣祖实录》卷287，康熙五十九年二月乙丑。]具体内容是：广西巡抚所属土司，遇三年大计之期，其中果有清廉爱民，并无掳杀及贪残不职恣意侵害之员，行令该管官据实确查，具题举劾。其升赏降革之处，分别轻重，仍照土司定例遵行[ 光绪《大清会典事例》卷145，《吏部一二九·土官·土官大计》，第2册，第856页下。]。
康熙后期改土归流的事例增多。《大清会典事例》记载了康熙三十年代的两个事例：康熙三十五年，改云南阿迷州土州为流，裁土知州一人。康熙三十七年，四川东川军民府（原注：后裁军民二字），改隶云南省，改流，裁土知府、土经历各一人，设流官。不过也有新设土官的，如康熙三十五年又改云南曲靖府属亦佐县为平彝县，设土县丞一人[ 光绪《大清会典事例》卷32，《吏部一六·官制·各省土官世职》，第1册，第412页上。]。
上述事例之后，《清圣祖实录》又记载了两个事例：一是贵州清平县凯里土司改土归流。康熙四十五年十二月贵州巡抚王燕参劾清平县凯里土司杨国兴贪婪，云贵总督贝和诺审明具题。兵部议覆：“兹土苗人民俱愿改土归流，应如所请，将该土司粮赋归清平县管理。”清廷从之[《清圣祖实录》卷227，康熙四十五年十二月甲辰。]。二是广西太平府思明土知州改土归流。康熙六十年五月：“吏部议覆：广东广西总督杨琳疏言，广西太平府思明土知州黄而芸贪残不法，已参革论绞，请改土归流，其所辖地方归并太平府知府管理。该土州原设吏目一员，仍存留以司捕务。应如所请。从之。[《清圣祖实录》卷292，康熙六十年五月乙亥。]”该地思明土知州改为流官，保留了原设吏目一员。乾隆《大清会典则例》记载了另外两个事例：“康熙四十五年覆准，贵州平州六硐长官司杨武功贪残参革，复恋职不报其弟武勋袭替，应改隶流官。五十四年覆准，宁谷长官司顾维杰贪虐民命，访拿参革，改隶流官。”[ 乾隆《大清会典则例》卷110，《兵部·武选清吏司·恩?》，第623册，第279页上。]这两个例子是作为“改土归流”事例出现的，说明乾隆《大清会典则例》的编纂者看重康熙后期改土归流的实践，将其作为清朝改土归流的起始看待。值得注意的是，上述4个事例都是因为原任土司“贪婪”、“贪残不法”、“贪残”、“贪虐民命”被废改为流官管理的。这说明随着康熙后期社会安定、统治秩序的恢复，按照清朝的政治标准，一些土司的作为，变得不符合朝廷的要求，清朝改土归流的愿望凸现出来。
三、结 语
清朝对于土司的处置，是其确立全国统治的一部分，顺治康熙时期土司问题与清朝统一全国稳定社会秩序联系在一起。
清朝正式招抚土司的政策，体现在顺治五年（1648年）的诏书，表达出秉承天命统一中国的政治合法性。诏书大赦条目中有关土司政策的有两条：前一条主旨是与反清势力即所谓“叛逆”争夺土司，说未归顺的土司只要认同清朝统治即服从“王化”，可以继续世袭土司，延续明朝对地方的统治，并奖励“擒执叛逆来献者”。后一条是奖励已归顺的土司。这个诏令在顺治十四、十五、十七年多次重申。
清朝的招抚政策起到了一定的作用，在湖南两广地区基本平定云贵地区尚未归附的情况下，清朝采取继续招抚土司的政策。顺治十年（1653年）五月，清廷任命洪承畴总理西南事务的重任，重要的事务是招抚土司。其中谈到“应给敕谕印信，作速撰铸给与”，说明很可能此前零星来归的土司未能及时给与敕印，因要大规模招抚西南土司，所以要求及时铸印颁给。顺治十一年出现了换给土司印信的记载，说明清朝换给土司印信更加制度化。
顺治时期制订了土司承袭的基本制度。主要内容是土司承袭需要吏部颁给“号纸”，承袭年龄为15岁，还规定了继承的监护、顺序问题。为了有效防止土司因承袭导致争夺变乱，采取“预制土官”的办法，即土司向布政司开报世系履历及有无嗣子，预上其籍于部，袭替发生争执时，按籍立辨，加以处置。清朝的土司制度基本上承袭了明朝土司制度，但是也有所创新。
从清朝管理土司的实践来看，“号纸”与“印信”是土司得到中央政府承认的两项凭证。
虽然清廷不断告诫军前处理好与土司的关系，强调招抚，但是并不排斥征剿。为了对付苗人的“劫杀抄掠”，顺治年间沿用了明朝的“雕剿之法”，即如老雕出其不意袭击目标。此法在康熙时期被一些清朝官员所采用。
康熙初年继续奉行顺治时期的土司政策。清廷开始对于部分地区土司实施有效管理。其主要措施一是对土司子弟进行儒家教化，使其知礼仪。二是制定土司贡赋的管理条例。清初清朝中央对于西南土司的控制很短暂，康熙十二年（1673年）发生“三藩之乱”，包括土司在内的西南地区实际属于吴三桂的控制之下。在平定三藩之乱的战争中，清廷继续实行招抚土司的政策并制订了管理土司的制度。
康熙二十年（1681年）平定三藩之乱收复西南地区后，清朝才真正面临土司的管理问题。康熙朝为了稳定秩序，开始强调将汉族与其它民族区分开来的措施，称之为“边禁”，如三藩叛乱平定后，清廷注意“逃民”与“逃兵”问题。清朝进一步完善了土司承袭制度。康熙二十五年决定根据广西南宁、太平、庆远、思恩四府所属各官吏部停止铨选，令该督抚于品级相当现任官员内拣选，通判知县以上具疏保题调补，杂职等官止令报部注册。康熙三四十年代，因地方上离省会遥远且多土司瑶壮的烟瘴之地，官吏不愿意赴任，所以采取掣签方式选取，而且年满三年即升。后虽短暂改为杂职掣签、道府州县俱不掣签，不久恢复旧制。
湖南西部的湘西以及湘黔边地区是苗族聚居区，元明时期由于并未纳入中央朝廷的有效控制，被称为“苗疆”。康熙四十二年（1703年）将湘西生苗纳入统治系统后，清朝采取了一系列措施，保证对于湘西的控制。这些措施的主要是：清朝在当地设厅后，五寨司土官土民归厅管辖，红苗纳粮，土官将犯罪之苗拿解道厅治罪，不能擅自处置，土官有约束红苗捉人勒银取赎、黔楚相接之苗互相杀掳、彼此拿人的职责，为了防止苗民因民人进入发生冲突，禁止民人擅入苗地、民苗结亲往来。邻省之间遇有民苗争讼事件，地方官不得互相推诿。
地处湖北西部的容美土司是土家族聚居区，由土司田氏控制。康熙四十五年四月湖广总督石文晟疏参容美司土司田舜年，是康熙朝对于湖广土司政策的重要事件。
清朝比较重视通过教化改变土司的文化政策。康熙帝继位不久清廷采纳礼部建议，同意云南土官子弟应令“各学立课教诲俾知礼义”，地方官择文理稍通者开送入泮应试。康熙五年因广西土司“俗无礼义，尚格争替争袭连年不解”，为了更化善俗，令各土司子弟愿习经书者在附近府县考试，文义通达每县额取二名，使感于忠孝礼义，以息争斗之风。康熙二十五年礼部清廷以西土司“僻处边峒，不识诗书，不明礼义，狠悍成性。”令各土司官有愿送子弟就近府州县读书者，命该教官收纳训诲。除了云南、广西之外，康熙四十四年“湖广”也准许土司子弟参加科举考试。康熙二十五年要求各省土司武职也同文职一样讲读“上谕十六条”，“更征远迩同风教化大行之治”。这样通过吸收土司子弟进入学校、参加科举，接受官方正统的儒家文化教育，加上宣讲圣谕等教化手段，使土司认同中国传统文化，进而实现对清朝的国家认同。
顺治康熙时期，已经有部分地区土司进行了改土归流。顺治朝改土归流计有顺治六年，云南元江军民府改流，十六年云南广南府改流，十七年四川遵义军民府改流，均为各裁土知府一人，设流官。清初的统一战争也开启了清代的改土归流。《清圣祖实录》出现了改土归流事例，记载为“改土为流”或“改土归流”。具体事例如贵州水西、马乃、乌撒三土司在顺治、康熙之际进行了较大规模的改土为流，康熙五年设大定、威宁、平远三府。康熙元年曹滴司改土为流令贵州黎平府经历管理。康熙五年广西由土司改设西隆州西林县，隶思恩府。康熙朝对于改土归流问题有过两次较大讨论，一次是康熙二十二年贵州平远、大定、黔西、威宁四府是否仍旧改土归流引起讨论，最终坚持下来。另一次是康熙四十五年对于是否张将容美司改土归流也讨论过，未加改流。这些讨论结果表明，康熙帝因地制宜个案处理的方法对待土司。康熙后期改土归流的事例增多。康熙三十五年改云南阿迷州土州为流，三十七年四川东川军民府改隶云南省，改流。四十五年贵州清平县凯里土司改土归流，四十五年贵州平州六硐长官司改隶流官。五十四年宁谷长官司改隶流官。六十年广西太平府思明土知州改土归流。上述事例都是因为原任土司“贪婪”、“贪残不法”、“贪残”、“贪虐民命”被废改为流官管理的。这说明随着康熙后期社会安定、统治秩序的恢复，按照清朝的政治标准，一些土司的作为，变得不符合朝廷的要求，清朝改土归流的愿望凸现出来。
顺治康熙时期的改土归流，反映了清朝的政治观念与民族政策。土司与中央王朝的关系，如前所说，必须取得朝廷颁给的印信号纸，并向朝廷出示土司家族世系资料，三年入觐，土司虽然世袭，但是其承袭必须经过朝廷同意。土司还要向政府交纳贡赋，或比年一贡，或三年一贡，各因其土俗以定制。如土司贡赋欠缺，并不严格处分土司所在地区的官府，与内地流官统治区有所区别。改土司为流官后，废除土官世袭，土司属民要向国家纳粮当差，成为国家的编户齐民。改土归流对于清朝的意义是将土司的土地人民纳入清朝的“版图”。对于“版图”应当有两种理解，一种纳粮当差从属的版图，另一种是归顺王朝政治的版图。可见土司实际上是一种独立性较强的自治区，改土归流是更直接归入国家管理。
康熙朝的对土司的处置结果，是由康熙皇帝的政治态度决定的。康熙帝为政尚宽、不愿多事的态度以及对于土司基本采取因俗而治的政策，影响了他对土司的处置。康熙朝对待土司比较宽容，因此尽管多次进行改土归流的实践，主要作为处置违法土司事例处理，尽管讨论改土归流问题，但是康熙帝并不将改土归流作为治理土司的最好办法强制推行。